于2000年5月启动的“中国超级杂交水稻基因组计划”目前进展迅速，截至2000年底，科学家共检测了近5亿个碱基对，找到了352个与抗性基因相关的位点、2269个与蛋白受体激酶相关的位点、2663个与激素代谢相关的位点。值得一提的是，科学家还发现了与光合作用相关的基因位点，而光合作用与超高产密切相关。据悉，科学家目前正在对有关数据进行整理，对已定位的基因进行深入的功能鉴定和分析，并开始构建DNA库。科学家的目标是获得90%覆盖率的水稻基因组框架图，建立中国杂交水稻的基因表达图谱并鉴定其重要和特有的基因，建立中国水稻的遗传谱系和杂交水稻种子基因库。